যদি সংক্রমণের ফলে হৃদপিণ্ডের ভালভের মারাত্মক ক্ষতি হয়, হৃদযন্ত্রের ব্যর্থতা দেখা দেয়, অথবা অ্যান্টিবায়োটিক চিকিৎসায় সাড়া না দেয়, তাহলে অস্ত্রোপচারের প্রয়োজন হতে পারে। পদ্ধতির মধ্যে রয়েছে ভালভ মেরামত বা যান্ত্রিক বা জৈবিক প্রস্থেটিক্স দিয়ে ভালভ প্রতিস্থাপন।

রোগীদের অতিরিক্ত সহায়ক ব্যবস্থার প্রয়োজন হতে পারে যেমন তরল থেরাপি, অক্সিজেন সহায়তা, ব্যথা ব্যবস্থাপনা এবং এমবোলিজম বা অঙ্গ কর্মহীনতার মতো জটিলতার জন্য চিকিৎসা।

বিরল ক্ষেত্রে যেখানে এন্ডোকার্ডাইটিস ব্যাকটেরিয়ার পরিবর্তে ছত্রাক বা ভাইরাসের কারণে হয়, সেখানে অ্যান্টিফাঙ্গাল বা অ্যান্টিভাইরাল ওষুধ ব্যবহার করা হয়। এই সংক্রমণগুলি প্রায়শই চিকিত্সা করা আরও কঠিন এবং দীর্ঘ সময় ধরে থেরাপির প্রয়োজন হতে পারে।

প্রাথমিক চিকিৎসার পর, সংক্রমণ সম্পূর্ণরূপে নির্মূল হয়েছে কিনা তা নিশ্চিত করতে এবং হার্টের ভালভের কার্যকারিতা পর্যবেক্ষণ করতে নিয়মিত ফলোআপ করা অপরিহার্য। পর্যবেক্ষণ পর্যায়ে সাধারণত ইকোকার্ডিওগ্রাম এবং রক্ত ​​পরীক্ষা ব্যবহার করা হয়।