Puede ser necesaria una cirugía si la infección causa daño grave a las válvulas cardíacas, provoca insuficiencia cardíaca o no responde al tratamiento con antibióticos. Los procedimientos incluyen la reparación o el reemplazo valvular con prótesis mecánicas o biológicas.

Los pacientes pueden requerir medidas de apoyo adicionales, como terapia de líquidos, soporte de oxígeno, control del dolor y tratamiento de complicaciones como embolia o disfunción orgánica.

En casos raros en los que la endocarditis es causada por hongos o virus en lugar de bacterias, se utilizan medicamentos antimicóticos o antivirales. Estas infecciones suelen ser más difíciles de tratar y pueden requerir tratamientos más prolongados.

Tras el tratamiento inicial, es fundamental realizar controles periódicos para garantizar la completa desaparición de la infección y monitorizar la función valvular cardíaca. Durante la fase de monitorización, se suelen realizar ecocardiogramas y análisis de sangre.