اگر عفونت باعث آسیب شدید به دریچه‌های قلب شود، منجر به نارسایی قلبی شود یا به درمان آنتی‌بیوتیکی پاسخ ندهد، ممکن است جراحی لازم باشد. این اقدامات شامل ترمیم دریچه یا تعویض دریچه با پروتزهای مکانیکی یا بیولوژیکی است.

بیماران ممکن است به اقدامات حمایتی بیشتری مانند مایع درمانی، اکسیژن درمانی، مدیریت درد و درمان عوارضی مانند آمبولی یا اختلال عملکرد اندام نیاز داشته باشند.

در موارد نادری که اندوکاردیت به جای باکتری توسط قارچ‌ها یا ویروس‌ها ایجاد می‌شود، از داروهای ضد قارچ یا ضد ویروس استفاده می‌شود. درمان این عفونت‌ها اغلب دشوارتر است و ممکن است به مدت طولانی‌تری از درمان نیاز داشته باشند.

پس از درمان اولیه، پیگیری‌های منظم برای اطمینان از رفع کامل عفونت و نظارت بر عملکرد دریچه قلب ضروری است. اکوکاردیوگرام و آزمایش خون معمولاً در مرحله نظارت استفاده می‌شوند.